A repetida violação dos direitos humanos por parte da Guarda Costeira da Grécia voltou a levantar o cenário de saída por parte da agência europeia de fronteiras. A confirmar-se a decisão, esta seria a segunda vez que a Frontex acionaria o seu artigo 46, que prevê a suspensão de operações caso seja reconhecida a possibilidade de persistirem as violações de direitos fundamentais. A primeira foi em relação à Hungria em janeiro de 2021 por causa dos pushbacks de migrantes para a Sérvia, com o governo de Órban a recusar-se a processar os pedidos de requerentes de asilo.
Segundo o diário francês Le Monde, o naufrágio do barco com centenas de migrantes a bordo ao largo de Pylos e as suspeitas sobre o que terá estado na sua origem voltou a levantar o cenário de suspensão das atividades na Grécia. Na reunião do conselho de administração realizada a 20 e 21 de junho, o supervisor interno para os direitos humanos recomendou que seja acionado o artigo 46 e suspensas temporariamente as operações da Frontex na Grécia.
Fonte próxima da agência disse ao jornal que esta não é a primeira vez que Jonas Grimheden recomendou esta suspensão, "mas é a primeira vez que a agência tem realmente em conta a sua opinião", sentindo-se "obrigada a reagir" após a tragédia de 13 de junho. No início do ano, o supervisor sueco relatou que "as autoridades gregas pediram a duas equipas distintas da Frontex que não comunicassem o avistamento e o encontro com um barco de migrantes. Quando o fizeram, apresentaram outras coordenadas, indicando uma localização mais 'favorável' do barco do ponto de vista grego". E o relatório acrescenta ainda o caso documentado em vídeo pelo New York Times que mostra um grupo de requerentes de asilo capturados em terra a serem levados para uma praia e depois colocados numa embarcação da Guarda Costeira, que os largou em alto mar num barco de borracha junto a águas turcas.
Em vez de avançar para a suspensão das operações, a administração da frontex decidiu formar um grupo de trabalho conjunto com a Grécia, mas meses depois Grimheden afirmou noutro relatório que nada tinha mudado quanto às práticas das autoridades gregas no que diz respeito ao pushback de migrantes em terra e no mar, a separação de crianças dos seus pais e o tratamento degradante dos migrantes.
No caso do naufrágio deste mês, sabe-se que a Frontex partilhou a localização do navio e o seu estado precário com a Guarda Costeira grega 14 horas antes de o barco ir ao fundo. Esta afirma que os traficantes que dirigiam a embarcação recusaram a sua ajuda e que o barco virou devido ao pânico a bordo. Mas os sobreviventes relatam outra versão dos acontecimentos, que envolve uma tentativa falhada da Guarda Costeira para rebocar a embarcação onde seguiam, provocando a tragédia.