Uma auditoria da Inspeção-Geral de Finanças descobriu um conjunto de irregularidades na Fundação Berardo. O documento recomendava a retirada do estatuto de utilidade pública à instituição, o que o governo acabou por fazer.
Segundo o Público, esta auditoria analisa as contas da instituição entre 2007 e 2017, concluindo que nesses dez anos a fundação controlada por Joe Berardo passou de ter 102 milhões de euros de resultados positivos para 245 milhões de resultados negativos, 980 milhões de dívida, um rácio de endividamento de 207%. A Fundação dedicava-se essencialmente a operações financeiras de risco elevado e apenas 599 mil euros, 0,1% dos ativos em 2017, foram utilizados para a finalidade para a qual a instituição foi criada: fins sociais. Isto significa que a organização não só desrespeitou os seus estatutos quanto ainda não cumpriu as obrigações que tem no âmbito do estatuto das Instituições Particulares de Solidariedade Social e da Lei-Quadro das Fundações.
Em 2019, já o Instituto de Segurança Social da Madeira lhe tinha retirado o registo como IPSS por durante pelo menos três anos não assegurar as “atividades necessárias à realização dos fins de segurança social.” Contudo, a IGF critica a atividade da Segurança Social madeirense por, entre 2015 e 2018, apenas ter inspecionado 11 em 55 instituições regionais e por não ter nunca investigado a Fundação Berardo.
Para além da recomendação já implementada de retirada do estatuto de utilidade pública, também se recomenda ao governo uma ação judicial para requerer a “nulidade da dação em cumprimento do imóvel Monte Palace Hotel”, que não terá respeitado a mesma lei das Fundações. Esta passou para a ser propriedade da Associação de Colecções, outra instituição de Berardo, supostamente como forma de pagamento de uma dívida de 90 milhões de euros, uma decisão tomada sem “autorização prévia da entidade competente”, ou seja da secretaria-geral da Presidência do Conselho de Ministros. O Monte Palace Hotel era um dos bens imóveis arrestados no âmbito das dívidas do milionário.
Ainda segundo o mesmo órgão de comunicação social, foram encontradas faturas no valor de 250 mil euros que despesas que nada tinham a ver com as finalidades sociais, algumas em benefício direto de familiares de Joe Berardo.