Eduardo Cabrita homologou, em agosto de 2021, o arquivamento, pela Inspeção Geral da Administração Interna (IGAI), de um inquérito disciplinar relacionado com a morte do cidadão ucraniano Ihor Homeniuk, a 12 de março de 2020 sob custódia do Serviço de Estrangeiros e Fronteiras (SEF). O visado deste inquérito era João Ataíde, que ocupava o cargo de coordenador do gabinete de inspeção do SEF aquando da morte de Ihor.
O inquérito, citado pelo Diário de Notícias (DN), desmente as declarações prestadas por Eduardo Cabrita em abril de 2020, e confirmadas posteriormente pelo seu gabinete, no sentido de que o SEF abriu uma averiguação interna logo no dia a seguir à morte do cidadão ucraniano.
De acordo com o processo consultado pelo jornal diário, João Ataíde garantiu à IGAI que só teve conhecimento do caso a 16 de março, pela então diretora nacional do SEF, Cristina Gatões, e que só foi aberto um inquérito interno a 30 de março, na sequência das notícias que davam conta de que a Polícia Judiciária responsabilizava três inspetores do SEF como responsáveis pelo homicídio daquele cidadão.
Eduardo Cabrita garantiu ainda ao Parlamento que o seu gabinete e a IGAI receberam a notificação do óbito a 17 de março. No entanto, no âmbito de outro processo disciplinar, instaurado ao ex diretor de Fronteiras de Lisboa, Sérgio Henriques, a então diretora nacional do SEF, Cristina Gatões, comunicou que notificou logo na noite de 12 de março, via email, a chefe de gabinete de Cabrita.
Acresce que Gatões referiu ter ligado à inspetora-geral da Administração Interna, a juíza desembargadora Anabela Cabral Ferreira, a 16 de março. Todavia, a notificação escrita da morte chegou ao IGAI a 18 de março, ainda que um despacho ministerial de 2013 preveja a obrigatoriedade de as polícias darem de imediato conhecimento à IGAI, bem como ao Ministério Público e ao MAI, de qualquer morte em custódia.
Em entrevista ao Público a 2 de abril de 2021, Anabela Ferreira, quando questionada sobre se tinha "trocado alguma impressão com a diretora nacional [do SEF] na altura sobre o caso", afirmou ter por princípio, “quando há processos em que seja visado um serviço, não falar com nenhum dirigente".
O processo disciplinar consultado pelo jornal diário evidencia também a atitude negligente por parte de João Ataíde e Cristina Gatões, que, apesar de todas as evidências, afirmaram não ter suspeitado que a morte pudesse ter uma causa criminosa. Certo é que, perante o depoimento de ambos, a IGAI considerou, ainda assim, não existirem fundamentos para uma censura disciplinar.
O DN pediu vários esclarecimentos a Eduardo Cabrita sobre estes factos, mas não obteve qualquer resposta.
