O TC faz uma série de recomendações a diversas entidades, nomeadamente ao ministro das Finanças, para que “promova a aprovação de legislação e de regulamentação que normalizem, sintetizem e clarifiquem as isenções e benefícios fiscais de que as fundações possam beneficiar”, “de forma a reduzir a discricionariedade actualmente existente”.
Segundo o site do jornal “Público”, a auditoria do Tribunal de Contas realizada em 2010 conclui que “não é possível identificar com rigor, o universo fundacional relativo às fundações de direito privado, em virtude de as bases de dados existentes, estabelecidas pelas entidades com responsabilidades diversas neste universo, não serem, em geral, completas e fiáveis”.
Para o TC a situação deve-se a “legislação incompleta” e “inércia de algumas entidades com responsabilidades no sector”.
A auditoria do TC concluiu que “a base de dados do Instituto dos Registos e Notariado (IRN)/Registo Nacional de Pessoas Colectivas (RNPC) que, nos termos legais, deveria ser universal, não é, uma vez, que pelo menos, não inclui a totalidade das fundações registadas na Secretaria-Geral da Presidência do Conselho de Ministros (SGPCM), na Direcção-Geral da Segurança Social (DGSS), Instituto Português de Apoio ao Desenvolvimento (IPAD) e Ministério da Ciência e do Ensino Superior”.
Segundo o jornal, o TC detectou que à data da auditoria estavam inscritas no Ficheiro Central de Pessoas Colectivas (FCPC) 817 fundações, na SGPCM 162 fundações privadas, na DGSS 20 fundações de solidariedade social, no IPAD 19 fundações de cooperação e na Secretaria-geral no Ministério da Ciência e do Ensino Superior 3.
A situação existente leva a que a Direcção-Geral das Contribuições e Impostos (DGCI) não tenha controlo sobre as declarações anuais obrigatórias de informação contabilística e fiscal das fundações. A auditoria refere que a DGCI reconheceu, em sede de contraditório, que “o controlo da entrega de tais declarações declarativas de uma forma automática, face à latitude do universo de sujeitos passivos dispensados da obrigação, evidencia-se inviável (…) porque tal controlo seria fonte geradora de conflitos com os contribuintes que não teria como contrapartida expressão assinalável no âmbito das atribuições que são cometidas à DGCI”.
Além da recomendação ao ministério das Finanças, o TC recomenda ao ministro da Presidência que promova os procedimentos legislativos para a aprovação dum novo regime jurídico para as fundações e à DGCI o acompanhamento das obrigações fiscais por parte das fundações.