Manuel Martins foi o primeiro bispo de Setúbal, nomeado em 1975.
Manuel Martins chegou a ser apelidado de “bispo vermelho”, pelas denúncias que fez da fome e da pobreza em Setúbal, nomeadamente quando os salários em atraso dominavam o distrito nos anos 80.
Segundo a Lusa, Manuel Martins foi pároco de Cedofeita, no Porto, nos nove anos de exílio do bispo do Porto, no tempo do fascismo, e foi vigário geral após o regresso do bispo António Ferreira Gomes.
"Quando cheguei a Setúbal, levava uma recomendação muito importante do bispo de Porto, António Ferreira Gomes, que me disse para tentar não aparecer como colonizador, para procurar mergulhar em Setúbal, ser de Setúbal, ser Setúbal. E, felizmente, isso aconteceu-me", disse em entrevista à Lusa em 2016.
Manuel Martins foi presidente da Comissão Episcopal da Ação Social e Caritativa e da Comissão Episcopal das Migrações e Turismo, e da secção portuguesa da Pax Christi.
José Manuel Pureza, deputado do Bloco de Esquerda e vice-presidente da Assembleia da República, escreveu na sua página no facebook: “Os pobres perderam um amigo”.