O médico realizou pela primeira vez, em Portugal, a técnica de procriação medicamente assistida, conhecida por GIFT (Transferência de Gâmetas para a Trompa), “método que propiciou o nascimento do primeiro bebé em junho de 1988”, de acordo com o resumo curricular de Agostinho Almeida Santos no Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida.
Almeida Santos fundou e dirigiu o programa de reprodução medicamente assistida em vigor em Coimbra desde 1985.
Durante a sua vida académica, publicou 185 trabalhos científicos, foi membro de 18 sociedades científicas nacionais e internacionais e desempenhou funções de perito da Comunidade Económica Europeia na área de investigação em bioética.